Личная жизнь Эдуарда Флёрова не выносится им на всеобщее обсуждение, поэтому сложно говорить о том, сколько у него было романов, есть ли жена, известно только, что у актера есть взрослый сын. Он родился, когда Эдуард был очень молод – ему едва исполнилось девятнадцать лет, и сейчас сын актера живет с мамой Эдуарда Флёрова на его родине в Красноярске. Несмотря на то, что его отец добился в своей профессии заметных успехов и стал популярным, сын Эдуарда не пошел по его стопам, а окончил экономический факультет.

Эдуард родился в 1966 году в семье известного ученого-физика профессора И.Н.Флёрова, но родители никогда не требовали от сына, чтобы он пошел по стопам отца. Сейчас актер уверен, что отца с матерью радует то, что происходит в его жизни в данный момент. Но до того, как стать популярным актером, звездой сериалов, Флёрову пришлось пройти долгий путь. Чтобы определиться с выбором жизненного пути он перебрал немало профессий. Эдуард пытался учиться в нескольких высших учебных заведениях, но только ЛГИТМиК стал его окончательным выбором.

Получение диплома по времени совпало с непростым перестроечным временем, когда театры переживали сложный период, но Эдуард не ушел из профессии и играл на сцене сразу двух театров – «Актэм» и при Центре Высоцкого. Когда наступили времена телесериалов, Флёров начал ходить по кастингам, и, хотя роли бандитов, которые ему доставались, совсем его не устраивали, он не отказывался и от них. Его первой работой на экране стала роль бандита в сериале «На углу у Патриарших-3», вышедшем на экраны в 2003 году.

Сейчас, когда на счету актера уже несколько работ в популярных сериалах, театр по-прежнему играет большую роль в личной жизни Эдуарда Флёрова. Он признается, что тех ощущений, которые он испытывает, выходя на сцену, на съемочной площадке получить не удается. За все годы, что актер снимается в сериалах, ему удалось сыграть множество ролей, но все они достаточно однотипные – капитан ФСБ Сверкунов в «Оперативном псевдониме», полковник ФСБ Андрей Сорокин в «Слепом», капитан Покатилов в «МУР есть МУР-3», оперативник в сериале «Меч» и другие. Возможно, такой набор сходных ролей объясняется внешностью актера, но он старается в каждой из них найти какие-то особенности, чтобы роли не получались похожими одна на другую. Но у Эдуарда Флёрова есть и другие работы, как, например, роль шведского короля Карла XII в фильме «Слуга государев», и он всегда играет их с особым удовольствием.