Личная жизнь Елены Ксенофонтовой скрыта от глаз посторонних, она не любит, когда кто-то обсуждает ее заэкранную судьбу. Очень долго ее имя было больше известно только заядлым театралам, пока Валерий Тодоровский не предложил актрисе сыграть в сериале «Тайга». Съемки проходили в тяжелых условиях, но Елена работала без дублера, и здесь она проявила свой сильный характер. Этот фильм сделал Ксенофонтову популярной и востребованной у многих режиссеров. Приглашений у актрисы столько, что она имеет возможность выбирать только самые интересные проекты.

Личная жизнь Елены Ксенофонтовой тоже весьма насыщенна. Она никогда не испытывала недостатка в поклонниках и пользовалась большим успехом у противоположного пола. Впервые актриса вышла замуж в двадцать два года за Игоря Липатова. Он был старше Лены на пять лет, к моменту их знакомства уже окончил МИРЭА и был талантливым архитектором и дизайнером. Именно он помог своей жене стать актрисой. Узнав из объявления о том, что Иосиф Райхельгауз набирает на свой курс студентов, он сам отвел ее во ВГИК буквально за руку. 

Их брак просуществовал одиннадцать лет, но, в какой-то момент Елена поняла, что с мужем их связывает только привычка, и предложила расстаться – она не могла жить просто так без эмоций и ярких чувств. Это случилось уже после того, как Ксенофонртова окончила ВГИК. На съемках сериала «Тайга. Курс выживания» в личной жизни Елены Ксенофонтовой вновь произошли изменения. Познакомившись с актером Ильей Неретиным, она вышла за него замуж. Через какое-то время в семье появился ребенок – сын Тимофей, но он не стал тем «плюсиком», который смог бы сохранить их семью. Говорят, что причиной развода стала неверность Неретина, чего Елена простить ему не могла. Она решила, что жить во лжи нельзя, хотя и не хотела оставлять ребенка без отца. После развода с Ильей, который прошел тихо, без ссор и разбирательств, они продолжают общаться. По словам Елены, Илья очень любит своего сына и проводит с ним много времени. 

Актриса считает себя влюбчивой женщиной, и, когда влюбляется, любит сильно и беззаветно. В личной жизни Елены Ксенофонтовой, по ее убеждению, рядом с ней должен быть обязательно сильный и умный и талантливый мужчина. Именно таким  оказался новый кавалер Ксенофонтовой, который просто очаровал актрису. Она почувствовала себя с ним любимой женщиной, окруженной заботой и вниманием и решила в сорок лет родить еще одного ребенка, и два года назад на свет появилась  маленькая Соня.