Личная жизнь Фамке Янссон начиналась в Амстердаме, в котором она прожила до двадцати лет вместе со своей семьей – родителями и двумя сестрами. Она уже была студенткой университета, в котором изучала экономику, когда загорелась идеей покорить мировые подиумы, и с этой целью Фамке отправилась в Нью-Йорк.

Она не преувеличивала свои возможности – модельное агентство Elite сразу предложило ей сотрудничать. Но Фаике Янссен – девушка серьезная, она решила, что без высшего образования ей не обойтись, и поступила в университет Columbia, правда, уже не на экономический, а на филологический факультет.  Тогда же она всерьез увлеклась драматическим искусством и стала слушательницей курсов актерского мастерства Гарольда Гаскина.

Для продолжения актерской карьеры Фамке перебралась в Лос-Анджелес, и здесь получила свою первую роль в телевизионном фильме «Отцы и сыновья». Как в тот период развивалась личная жизнь Фамке Янссен нет никакой информации – актриса никогда не любила делиться с посторонними ее подробностями.

На протяжении карьеры у нее было несколько романов, в том числе с такими известными личностями, как Бен Аффлек и Райан Гослинг. Со своим будущим мужем режиссером и сценаристом Кипом Уильямсом, сыном известного архитектора Тода Уильямса, актриса познакомилась еще в колледже. Вместе они прожили одиннадцать лет, но в 2000 году их брак распался.

Причиной неудач в личной жизни Фамке Янсеен можно считать огромную занятость актрисы и плотный рабочий график, которые совсем не оставляют времени на семью и взаимоотношения с мужчинами. Несмотря на то, что и теперь она одинока, актриса не жалеет, что выбрала себе именно такую судьбу – карьера для нее оказалась важнее, чем личная жизнь, и она гордится тем, чего ей удалось достичь в работе. Детей у актрисы нет, но она об этом тоже не жалеет. Фамке Янссен признается, что материнство – это не для нее, она никогда не хотела иметь собственных детей и не собиралась ими обзаводиться.

Детей в личной жизни Фамке Янссен заменяет бостонский терьер Ликорис, который, по словам актрисы, наполнил ее жизнь смыслом. Собака стала для нее и семьей, и другом, и ребенком. А самыми близкими людьми для Фамке являются ее родители, сестры и их семьи, с которыми видеться удается не так часто, но она всегда о них помнит и обожает.  Кроме того, актриса поддерживает отношения с семьей бывшего мужа, с которым у нее сохранилась теплая дружба.