Личная жизнь Николая Фоменко складывалась, по мнению многих, достаточно прагматично. О Фоменко  говорят, что он всегда старался поддерживать отношения только с нужными людьми, девушки в этом случае, не исключение. Первой женой Николая была Елена Лебедева – дочь одного из ведущих актеров Санкт-Петербурга. В то время, когда у Фоменко начался роман с Еленой, он был студентом театрального института и дружба с дочерью народного артиста, признанного властями, была ему очень полезна. После непродолжительного знакомства молодые люди поженились, и личная жизнь Николая Фоменко влилась в жизнь семьи его жены. Скорее всего, не без помощи влиятельного тестя после окончания вуза его приняли в Александринский театр. Когда у Николая появилось еще одно увлечение – музыка, тесть снова сделал все возможное, чтобы рок-группа, созданная его зятем, приобрела, как можно быстрее, популярность. Он помог купить инструменты, и, вообще, помогал, чем только мог.

Во время службы в армии, которую он проходил в музыкальном ансамбле, Николай познакомился с Людмилой Гончарук. Увлечение оказалось настолько сильным, что он развелся с женой. Личная жизнь Николая Фоменко с Людмилой Гончарук продолжалась семь лет, но официально свой брак они так  и не зарегистрировали. Все это время Фоменко играл в созданной им группе «Секрет» и много гастролировал по стране. По слухам, во время разъездов с концертами, он не старался хранить верность своей гражданской жене. Одной из девушек, которой в очередной раз увлекся Николай, стала дочь актрисы Ларисы Голубкиной Мария. Спустя некоторое время Фоменко ушел от Людмилы Гончарук и женился на Марии Голубкиной, которая была на десять лет младше него. Вместе они прожили тринадцать лет.

Маша родила двоих детей – сына и дочку.  Карьера Николая в это время развивалась довольно успешно. Он не только много снимался, играл в театре, но и вел телевизионные проекты. Через некоторое время Николай серьезно увлекся автомобилями и занялся автомобильным бизнесом. Его новым проектом стал гоночный болид «Маруся». Развитие собственного бизнеса требовало общения с влиятельными людьми, в числе которых оказалась Наталия Кутобаева – пресс-секретарь Валентины Матвиенко, губернатора Санкт-Петербурга. О романе стало известно Марии, она закатила жуткий скандал, который завершился их разводом. Спустя полгода после расставания с Голубкиной в личной жизни Николая Фоменко случилось новое бракосочетание. Сейчас он женат на Наталии Кутобаевой, которая родила ему сына Николая.