Личная жизнь Сергея Пускепалиса сложилась давно, и у него никогда не возникало желания что-то в ней изменить. Со своей женой Еленой он познакомился  более тридцати лет назад, из которых  более двадцати – они муж и жена. С Еленой Сергей познакомился в драмкружке Железноводска, откуда они оба родом. Но если для Пускепалиса актерство стало профессией, то для его жены осталось лишь увлечением. После школы она окончила Ростовский университет и получила специальность гидрогеолога, хотя в ее жизни была попытка стать актрисой, но ее не приняли театральный. Gерестройка заставила ее переквалифицироваться и стать менеджером. По этой специальности она работала в нескольких фирмах, и это для молодой семьи Пускепалисов стало спасением – было время, когда они жили только на ее зарплату.

Елена не обижалась на мужа, который в начале их семейной жизни учился в Саратовском театральном училище и не мог зарабатывать и обеспечивать их быт. С пониманием она относится и к тому, что по работе Сергею приходиться иногда уезжать надолго из дома. Когда он поехал в Москву, чтобы строить карьеру и продолжать учиться в РАТИ, Лена, несмотря на то, что ей было сложно покидать родной город, тоже поехала за ним. Потом уже не только ей, но их сыну Глебу пришлось ездить вместе с родителями – в Магнитогорск, где Сергей Пускепалис работал режиссером и ставил спектакли, потом в Ярославль, потом снова в Москву. Это было довольно сложно и утомительно, поэтому было принято решение, что личная жизнь Сергея Пускепалиса и его работа не должны сильно зависеть друг от друга.

Они решили купить квартиру в Железноводске, откуда родом родители Сергея, и его семья поселилась там. Несмотря на то, что основная работа Пускепалиса в Москве, он часто приезжает в Железноводск, а иногда и жена с сыном навещают его в столице. Так получилось, что дорогу в кино проложил Пускепалису его сын Глеб. Посмотрев на работу Глеба в фильме «Коктебель», он тоже решил попробовать и начал с артхаусных проектов, а продолжил народным кино. Он соглашается на роли, если они нравятся ему, в противном случае никакие уговоры не помогут.

По-прежнему личная жизнь Сергея Пускепалиса протекает в двух городах – теперь в Москве живет и учится в РАТИ его сын. Но своим домом он, все-таки, считает Железноводск, где  жизнь подешевле и поспокойнее.